生物信息学是运用生物学、数学、计算机科学等多学科技术与手段进行生物信息的获取、存储、分析、利用的一门交叉学科，是目前生物学研究的热门领域之一。本书主要介绍生物信息学的相关实验，并给出对应的习题。全书分为四篇：第一篇讲解生物信息学实验，共设计了23个实验；第二篇为习题集；第三篇为习题集参考答案；第四篇提供相关的名词解释。本书附录部分介绍了常见的模式生物和热带植物的主要特点，可供学习生物信息学的读者巩固所学的生物信息学知识，并拓展其视野。本书的内容主要对应《实用生物信息学》一书，同时兼顾其他优秀的生物信息学教材。

前言 生物信息学是生物学领域目前最热门的研究方向之一，几乎所有综合性大学均开设了生物信息学课程，一些大学还设有生物信息学专业，还有一些大学甚至建立了生物信息学系、生物信息学院。这足以说明生物信息学涵盖的内容较多，甚至需要设立专门的学院对研究方向进行细分；同时也说明学习生物信息学专业的学生有很多。 生物信息学是一门实践操作性很强的课程。在编者多年的教学过程中，发现很少有生物信息学实验指导方面的书籍供教师参考，因此总结了多年的生物信息学实验内容，在本书第一篇设置了23个生物信息学实验供教师和学生参考。 无论是本科生还是研究生，都对生物信息学课程充满了热情，他们购买了大量相关的书籍进行自学，但是学习效果怎样，生物信息学如何考试等内容，很多学生并不清楚。为了让学生能更好地掌握生物信息学这门课程，并能顺利通过相关的生物信息学考试，本书第二篇提供了习题集供大家练习，巩固所学知识，其中总结了相关的知识点便于集中理解与记忆，并对如何答题设置了例题解析，从而帮助学生理顺答题思路，掌握一定的答题技巧。本书第三篇提供了习题集的参考答案，方便学生进行参考和比较。本书第四篇给出了相关的名词解释，将生物信息学所涉及的名词集中在一起，便于大家查找学习。 在本书附录部分，介绍了常见的模式生物和热带植物，以及与其研究相关的生长发育、生理生化、基因组等特征，希望能为广大科研人员的研究分析提供参考。 冯世鹏 海南大学

目 录 第一篇 生物信息学实验 1 第0章 生物信息学实验室规则与安全 2 第1章 文献检索 3 实验1 中文文献检索(以中国知网数据库为例) 4 实验2 外文文献检索(以ScienceDirect数据库为例) 8 第2章 生物信息数据库资源 12 实验3 核酸数据库检索(以GenBank数据库为例) 13 实验4 蛋白质数据库检索(以UniProt数据库为例) 22 实验5 蛋白质结构数据库检索(以PDB数据库为例) 30 实验6 基因组数据库检索(以TAIR数据库为例) 33 实验7 代谢数据库检索(以KEGG数据库为例) 38 实验8 非编码RNA数据库检索(以miRBase数据库为例) 44 实验9 基因表达数据库检索(以GEO数据库为例) 47 第3章 序列比对 50 实验10 在线序列比对实验(以BLAST、BLAT软件为例) 50 实验11 本地序列比对实验(以BioEdit软件为例) 54 实验12 多序列比对实验(以Clustal软件为例) 57 第4章 核酸序列分析 61 实验13 核酸序列常规分析(以DNAStar软件为例) 61 实验14 基因序列元件预测 63 实验15 引物设计分析(以Primer 5.0软件为例) 67 实验16 第一代测序数据分析 71 第5章 蛋白质序列分析 75 实验17 蛋白质理化性质分析 75 实验18 蛋白质空间结构分析 79 实验19 蛋白质的修饰分析 82 实验20 蛋白质定位预测 85 第6章 基因表达分析 89 实验21 qPCR数据分析 89 第7章 进化分析 93 实验22 进化树构建(以MEGA软件为例) 93 第8章 非编码miRNA分析 97 实验23 非编码miRNA查询及预测分析 97 第二篇 生物信息学习题集 101 第1章 文献检索 102 1.1 知识点介绍 102 1.2 典型例题讲解 103 1.3 习题 105 第2章 生物信息数据库资源 107 2.1 知识点介绍 107 2.2 典型例题讲解 111 2.3 习题 113 第3章 序列比对 119 3.1 知识点介绍 119 3.2 典型例题讲解 121 3.3 习题 122 第4章 核酸序列分析 125 4.1 知识点介绍 125 4.2 典型例题讲解 130 4.3 习题 131 第5章 蛋白质序列分析 133 5.1 知识点介绍 133 5.2 典型例题讲解 138 5.3 习题 139 第6章 基因表达分析 141 6.1 知识点介绍 141 6.2 典型例题讲解 144 6.3 习题 145 第7章 进化分析 147 7.1 知识点介绍 147 7.2 典型例题讲解 150 7.3 习题 151 第8章 非编码miRNA分析 153 8.1 知识点介绍 153 8.2 典型例题讲解 156 8.3 习题 157 第三篇 参考答案 159 第1章 文献检索 160 第2章 生物信息数据库资源 163 第3章 序列比对 173 第4章 核酸序列分析 175 第5章 蛋白质序列分析 177 第6章 基因表达分析 183 第7章 进化分析 185 第8章 非编码miRNA分析 186 第四篇 名词解释 187 附录I 常见模式生物基因组信息介绍 207 附录II 常见热带植物基因组信息介绍 240 参考资料 256